Kiedy istnieje podejrzenie, że praca magisterska, napisana przez studenta, nie była napisana przez niego, a jedynie skopiowana, student taki musi się liczyć z poniesieniem surowych konsekwencji. Wykrycie plagiatu wiąże się z działaniami organów sprawiedliwości. Może tutaj dojść do kar finansowych, a także wyrzucenia z uczelni. Student, który dokonał plagiatu, prawdopodobnie wyleci na dobre z uczelni.
Plagiat to praktycznie zbrodnia od strony naukowej - nie powinno nigdy do niego dochodzić. Jeśli student dokona plagiatu, tym samym przekreśla całkowicie swoją karierę, a także - zależnie od studiów i od kierunku - może ponieść dodatkowe konsekwencje, regulowane przez odpowiednie zapisy w regulaminie swoich studiów. Również władze uczelni mogą nadawać odpowiednie kary studentom.
Jeśli szukamy sposobu na sprawdzanie pracy magisterskiej pod kątem bycia plagiatem, powinniśmy dobrze się zastanowić, czego tak naprawdę szukamy. Jeśli chodzi nam jedynie o treść pracy od strony tekstu - wystarczy nam program typu antyplagiat. Jeśli jednak zależy nam na sprawdzeniu czy sens i idee nie są kopiowane, sprawdzanie powinno odbyć się już na wyższym poziomie - sprawdzeniu przez człowieka.
Tylko człowiek może skutecznie rozpoznać, czy dane fragmenty pracy magisterskiej traktują o tym samym, co fragmenty innej pracy. Programy antyplagiatowe często więc wskazują, czy dana praca magisterska MOŻE być plagiatem, a dopiero potem odpowiedni człowiek sprawdza treść samej pracy i porównuje ze wskazanymi publikacjami, najczęściej internetowymi.